任何一个模式都不可能完美无缺，杜郎口模式也一样。在面对着外界褒贬的同时，杜郎口模式本身也面临着诸多困难。这些困难有的来自于整个教育体制大的环境。

　　由于只是在初中阶段推行课堂改革，到了高中阶段又要回归传统的教育模式，杜郎口教育模式的持续性受到了很大的挑战。深受自学模式影响的初中生在升入高中后和旧的教学模式难免发生冲突。一些进入茌平某重点高中的学生向本校老师反映自己不能适应高中的教学方式，感觉没有自主权。还有学生找到了高中校长，要求进行课堂教育改革。但学生的这些要求在短期内明显无法实现。“有些高中老师公开诋毁杜郎口的教学，嘲讽学生不懂规矩，不守纪律，不尊重师长。”这让崔其升感到无奈。