校徽中心圆内部绘有白山黑水图案。校徽的原设计是我国国徽的设计者、著名建筑学家林徽因教授1929年的作品。1929年，时任校长的张学良设奖征集东北大学新校徽图案，林徽因教授设计的“白山黑水”图案以其象征东北地理特色及其气魄的长白山和黑龙江而中选，并获奖金400元现大洋。现在的校徽在此基础上做了个别修改，主要是加入了张学良老校长1992年为东北大学题写的校名。